Gaurkoan nire erretrobirus endogeno (ERV laburtua, ingelesezko izenagatik) kuttunei buruz arituko naiz berriro ere. Aurreko baten zer ziren azaldu nizuen , nire tesia beraien inguruan egin bainuen. Orain dela pare bat aste behien erretrobirus endogenoei buruzko artikulu bat argitaratu ziguten eta zuei zertan datzan azaltzea ideia ona dela iruditu zait. Eta lan hau ere pasaden astean SESBEko kongresura poster moduan eraman nuen.
Gaia kokatzeko. ERVak ornodunen genometan dauden birusen aztarnak dira. Eta erabiltzen ditugun lanabes informatikoen bidez aztarna ezberdinak (antzinako birusen kopiak) detektatu ditzazkegu eta horietako batzuk ahaidetasunaren arabera familia deitzen ditugun taldeetan sailkatzen ditugu. Tesi garaian behietan agertzen zirenak aztertu nituen eta guztira 13000 ERV inguru detektatu nituen eta hauetako zenbait 24 familiatan sailkatu. Orduan hausnarkarien artean (behi, bufalo, ahuntz, ardi, animaliatxo horiek) behiaren genoma zen eskuragarri zegoen bakarra. Iaz yak-aren genoma publikatu zela ikusterakoan behiaren ahaide hau aztertu genezakela bururatu zitzaigun. Eta datubaseak aztertzen zebuaren, bufaloaren, ahuntzaren eta hainbat ardiren genomaren datuak eskuragarri zeudela ikusi genuen. Eta horri ekin genion.
Behia, zebua eta yaka.
Tesi garaitik hona ERVak detektatzeko metodo berriak garatu dira. Hortaz, metodo berri hauek erabili nituen behiaren genomaren azken bertsioa beraztertzeko eta zebu eta yakaren genomak aztertzeko. Azken bi espezie hauek behiaren oso gertuko ahaideak direnez behiaren ERVen historioa jakitea baimenduko ligukela uste genuen. Eta hara gure sorpresa, tesian detektatutako 24 familiez gain, beste 6 familia berri detektatu genituen. Hots, hiru espezieen arbaso komunaren genoman iada 30 ERV familia hauek txertatuta zeuden. Baina hiru espezie hauen artean aldatzen zena ERV kopurua zen. Behietan zebuan eta yakean baino ERV askoz gehiago detektatu genituen, yaka ERV gutxien zituen espeziea izanda. Espezie bakoitza banatu ostean ERV kopia kopurua ezberdin emendatu al da espezie bakoitzean? Edo behiaren domestikazioak eragina izan al dezake? Biak posible izan daitezke. Edo baita ere genoma modu ezberdinean sekuentziatu izanak eragina izan dezake. Behiarena irakurketa fina dela esan dezakegun bitartean, beste bi espezietan, ez da hain fina, zirriborroak dira. Eta ERVak bezalako osagai genomikoak aztertzen zailagoak dira zirriborroetan, bereizmena txikiagoa baita.
Hala ere, arazoak arazo, hainbat ERV aurkitu genituen hiru espezietan baliokideak zirenak. Hauek guretzat oso interesgarriak dira arbaso komunetik eratorri baitira eta pare bat gairi ekiteko lagungarriak zirelako.
Alde batetik ERVekin lan egiten dugunok genoman noiz txertatu diren interesatzen zaigu, berriak ala zaharrak diren jakiteko. Horretarako ERVen alboetan dauden bi eskualde erabiltzen ditugu, txertatzen direnean berdinak direlako, eta zenbat ezberdintasun metatu dituzten erabilita, beren adina estima dezakegu. Egia da teknika hau ez dela perfektua eta hainbat arazo izan ditzazkela, baina, tira, ez dugu besterik. Hortaz galdera errez bat egin genuen, baliokideak diren ERV hauek eskualde hauetan metatu dituzten aldaketak berdinak izan behar dute, denbora berdinean txertatu baitziren. Erantzuna, susmatu dezakezuen bezala, metatutako aldaketa kopurua ezberdina izan zen. Egia da behi eta zebuko ERV baliokideek antzeko aldaketak azaltzen zituztela, baina yak-arekin alderatuz, asko handitzen zen ezberdintasuna. Zergatik? Agian espezieak banatzen direnean metatzen diren aldaketa kopurua ezberdina da espezie bakoitzean. Zein da ondorioa? Ba ERVen txertaketa kalkulatzeko erabiltzen dugun teknika agian uste genuena baino eskasagoa da.
ERV baliokide hauekin aztertu genuen beste gaia ERVen geneen kontserbazio maila izan zen. Jakin badakigu espezie bereko ERVen gene batzuk beste batzuk baino hobeto kontserbatzen direla eta ERV baliokide hauek espezie bakoitzean kontserbazioa nolakoa zen jakiteko erabili genitzakeen. Eta, oro har, hiru espezietakoak konparatuta, kontserbatuak daudela dirudi. Ez dute zertan funtzionatu behar baina ERVen gene batzuk badirudi ez direla asko aldatzen. Nahiko deigarria da, berez, ERVak erabilgarriak ez badira, ERVen geneak kontserbatzeko presiorik ez dago. Eta hala ere hor daude, erlatiboki kontserbatuak. Egia da ERVen berrerabileraren hainbat adibide daudela. Agian kontserbatuak diruditen ERV zati hauek funtzioen gordailuak izan daitezke. Auskalo, guk hipotesia hor boatzen dugu.
Baina zer gertatzen da behietan, zebuetan eta yakean agertze diren 30 ERVen familia hauekin gainontzeko hausnarkarietan? Ba horietatik 26 bufaloan, ahuntzan eta hainbat ardi motetan detektatu genituela. Hots, hausnarkarien arbaso komunetik (orain dela 20 milioi urte baino gehiago) genoman txertatu daudela. Gainontzeko 4ak bufaloan ere aurkitu ditugunez, bufalo, behi, zebu eta yakaren arbaso komunean (orain dela 20 eta 12 milioi urte artean) txertatu zirela uste dugu. Hortaz, ERV familia gehienak hausnarkarietan 20 milioi urte baino gehiago daramate. Ez da gutxi, aizu!
Hauek dira lanaren ondorio nagusiak. Hots, metodo berrien bitartez ERV familia gehiago aurkitu ditugula eta behien ERV familia gehienak hausnarkarien arbaso komunetik presente daudela. Eta etorkizunean, hausnarkarien genoma gehiago aztertzen diren heinean, emaitza hauek mantentzea espero dut!
Eta guzti hau aitzakia izateko azpizun baten argazkia jartzeko.