Itxialdirako genetika (53): Koronabirusen erretratua

Itxialdirako genetika sorta honetan zehar SARS-CoV-2ari buruz eta epidemiak eragin dituzten beste patogenoei buruz aritu naiz. Asteak pasa dira SARS-CoV-2a gure bizitzak hankaz gora jarri zituenetik. Momentu aproposa da koronabirusen erretratua egiteko eta SARS-CoV-2ari buruz oraindik ez dakiguna berrikusteko. Horretarako orain dela astebete Naturek koronabirusei buruz argitaratutako artikulua oinarri hartu dut eta punturik garrantzitsuenak jorratuko ditugu.

Historia

Koronabirusak hainbat espezie infektatzeko gai dira eta behin infektatuta sintoma anitzak sor ditzakete. Dokumentatuta dagoen lehen infekzioa 1912koa da, alemaniar albaitari batzuk sukarra zuen eta tripa handituta zuen katu bat aztertu zutenean. Momentu horretan ez zekiten birus bat zela ikusten zutenaren eragilea; eta ezezaguna zen ere garai hartan koronabirusek oiloetan bronkitisa eragiten zutela; edota txerrietan hestetako gaixotasun bat sortzen zuela, zeinak bi aste baino gutxiago zuten txerrikiak hiltzen zituen. 

Koronabirusek animalien artean salto egiteko erreztasun harrigarria dute, salto egiten duen espeziera kalteak sortuz. Gizakiotan hotzeria sortzen zutela ezaguna zen, hau da, sintoma arin batzuk sortzeko gai zirela. 1960ko hamarkadan izan zen hori, lehen aldiz identifikatu zirenean, gizakietan hotzeria sortzen zuten birusak aztertuta. Orduan, beste animalia gaixo batzuetan antzeko egitura zuten birusak isolatu ziren ere; eta 1968an koronabirus deitu zituzten egitura horrek eguzki-koroarekin zuen antzekotasuna zela eta. 2000ko hamarkadan gizakiotan sintoma larriak sortzen zituen lehen koronabirusen agerraldiak izan genituen (SARS eta MERS); eta 2020an orain arte pairatu dugun koronabirusik kaltegarriena ezagutu dugu: SARS-CoV-2a.

Ezaugarriak

Koronabirusen tamaina handia da, bai gizakiak infektatzen dituzten birusekin konparatuta, bai RNA birusekin konparatuta. Sorta honetan aipatu dugu hamaika gene dituela, 30 mila base pareko genoma batek kodetzen dituenak. Beste birus ezagun batzuk (gripea edo GIBa) baino handiagoa. Baina bere genomaren gaitasunik harrigarriena da (RNA birus gehienek ez baitute) mutazioak saihesteko mekanismoa duela. Gene-materiala kopiatzerakoan akatsak sor daitezke, mutazioak deitzen ditugun horiek, eta izaki gehienek mekanismoak dituzte akats horiek aurkitu eta zuzentzeko. Birusetan ez da bat ere ohikoa hori, horregatik horrenbeste mutatzen dute, zuzenketarik egiten ez dutelako. Baina koronabirusek bai, genoma oso egonkorrak dituzte, egiten dituzten kopien zuzentasuna bermatzen dutelako. Gainera, koronabirusek erraztasun handia dute beren artean gene-zatiak elkar trukatzeko, errekonbinazioa deitzen dugun mekanismoaren bidez. Horri esker gaitasun berriak lor ditzakete.

Jatorria

Ez dago argi noiz sortu ziren koronabirusak, agian orain dela 10 mila urte, agian orain dela 300 miloi urte. Gizakiak infektatzeko gai diren 7 koronabirusetatik, biren jatorria karraskariak dira eta gainontzekoak, sintoma larriak sortzen dituzten 3 koronabirusak barne, saguzarrak. Baina susmoa dago bitartekari bat egon ohi dela saguzar eta gizakion artean. SARS-CoV-2aren kasuan bere jatorria eta bitartekari hori misterio bat izaten jarraitzen du, batez ere giza-zeluletan sartzeko erabiltzen duen genea aztertuta. ACE2 hartzailera lotzeko duen gaitasun hori ez dauka antza gehien duen koronabirusak (saguzarretan aurkitu dena) baina bai pangolinetan aurkitu direnak. Horrek eta mutazioek eta errekonbinazioek SARS-CoV-2aren genealogia berregitea zailtzen dute, nahasgarria bilakatuz jatorria ebaztea. Orain dela gutxi argitaratutako lan batzuk zera proposatzen dute: SARS-CoV eta SARS-CoV-2 leinuak orain dela 1200 bat urte banatu zirela, SARS-CoV-2 eta pangolinen leinua orain dela 140 bat urte eta SARS-CoV-2a eta saguzarrena orain dela 40-70 urte banatu zirela, eta azken honek galdu duela ACE2ra lotzeko gaitasun harrigarri hori. Beste era batera esanda: gaitasun hori aspalditik zuten koronabirusak zeudela baina orain arte ez dutela gizakietara salto egin.

Infekzio-gaitasuna

Koronabirusek gizakion zelula mota ezberdinak infekta baditzakete ere, hotzeria sortzen dutenak goiko arnas-bideak infektatzen efizienteak dira; SARS-CoV eta MERS-CoV, aldiz, goiko arnas-bideak infektatzen kili-koloak dira, baina oso efizienteak birikiak infektatzen. SARS-CoV-2a biak infektatzen oso ona da. Horrek azalduko luke sintomen aniztasuna COVID-19an: pertsona batzuetan sudur eta eztarrian gerta daiteke infekzioa eta gehiago ez jaistea; beste batzuetan birikietaraino heltzea eta sintoma larriagoak eragitea. Ezezaguna da zergatik gertatzen den hori; eta ezezaguna da ere SARS-CoV-2a birikietara heltzen den zelulaz zelula joanda; edo beste modu batera jaisten den. Agian immune-sistemarekin lotura duen zerbait izan daiteke, horregatik batzuk arin berreskura daitezke eta beste batzuk birikietako arazoak dituzte. Baita ere SARS-CoV-2a zuzenean birikietara hel daiteke eta pneumonia sortu, aurretik sintoma arinak eragin gabe. Hau da, bi infekzio puntu nagusi dituenez, gaixotasunaren garapenak sintoma ezberdinak izan ditzake.

Esan bezala, SARS-CoV birusarekin alderatuta SARS-CoV-2a oso eraginkorra da eztarria infektatzen. Horren eraginez SARS-CoV-2a listura pasa daiteke sintomak izan baino lehenago eta horrela pertsonatik pertsonara transmititu. SARS-CoV birusa, aldiz, bakarrik hori egiteko gai da sintomek eztanda egin dutenean. Horrek birus hauen hilkortasunari buruzko nahastea eragin duela uste da. SARS-CoV birusak hilkortasun handiagoa du SARS-CoV-2a baino, baina aditu batzuk uste dute hori dela SARS-CoV-2a infekzio gehiago sortzen dituelako; eta infektatzen dituen pertsona askok birikietara heldu baino lehen infekzioa gelditzen dutela. Baina behin birikietan, SARS-CoV bezain hilkorra izan daitekela uste dute. Zeren, dirudienez, arnas-aparatuko beste birusek egiten dutena egiten du, hor ez dauka aparteko berezitasunik: albeoloak infektatu eta apurtzen ditu eta horrek oxigeno jarioa odolera eteten du. Horrek immune-sistemaren erantzuna eragiten du, behar bezalakoa bada, arazoari aurre egingo dio; gehiegizkoa bada, hantura eta ehunaren kaltetzea eragin dezake. Eta baita ere muturreko erreakzioak sor ditzake, zitokinen ekaitza esate baterako. Horrek organo ezberdinetan kalteak sor ditzake; eta SARS-CoV-2a hainbat ehunetan detektatu bada ere, ez dago argi kalteak birusak sortzen dituen edo zitokinen ekaitzak.

Izan eztarria, izan birikak hasiera puntua, SARS-CoV-2 zeluletara nola sartzen den da beste puntu garrantzitsu bat. Esan bezala, ACE2 hartzailera lotzeko gaitasun harrigarria dauka. Hartzaile hori ehun gehienetan presente dago, baina batez ere albeolo eta hesteetan. SARS-CoV-2a ACE2ra lotzeko duen gaitasuna SARS-CoV birusarena baino 10-20 aldiz handiagoa da. Adituek ere gaineratzen dute, SARS-CoV-2a sudurra eta eztarria infektatzeko duen gaitasuna ikusita, beste hartzaileren bat ere erabiltzeko gaitasuna izatea ez dutela baztertzen. Kezkagarria dena ere da, ACE2ra lotu ostean, ostalari-zelulara sartzeko furina izeneko entzima erabiltzen duela. Entzima hori zelula askoren gainazalean dago, batez ere arnas-bidean; eta beste birus ezagun batzuk ere erabiltzen dute. Baina ez koronabirusek. Izan ere, SARS-CoV birusak zelulan sartzeko erabiltzen dituen entzimak ez dira oso arruntak ezta oso efizienteak ere. Hori dela eta SARS-CoV-2a SARS-CoV birusak baino 100-1000 aldiz aukera gehiago ditu birikiak infektatzeko eta horregatik hain ona da zelulaz zelula eta pertsonaz pertsona salto egiten. Nondik jaso duen furinara lotzeko gene-informazioa beste misterio bat da. Baina jakiteak bere jatorria argitzen lagunduko luke.

Apaltzea eta immunitatea

Epidemiak eztanda egin zuenetik aipatu da, denborarekin, SARS-CoV-2aren patogenotasuna apalduko dela. Hau da, mutazioak izango dituela hain oldarkorra ez izateko eta gizakioi adaptatzeko. Baina, hasieran aipatu bezala, SARS-CoV-2ak genoma oso egonkorra du birus bat izateko eta, momentuz, ez da beherakada hori detektatu. Infektatzen eta transmititzen hain efizientea den bitartean ez du zertan bere izaera leuntzeko presio ebolutiborik jasango.

Aditu batzuren ustez, behin SARS-CoV-2ren aurkako antigorputzak garatuta, immunitatea ezin hobea ez bada ere, hotzeria sortzen duten koronabirusekin gertatzen den bezala, sintoma leunak pairatuko dituzte berinfektatzen diren pertsonak. Eta nola birusaren genoma egonkorra denez, lortutako immune-babes hori sendoa izan daitekela. Hau da, aditu hauen ustez, hotzeria bezalako agertoki bat da probableena. Ideia honen alde 229E koronabirusarekin egindako ikerketa bat dago. Ikerketa horretan ikusi zuten hotzeria eragiten duen koronabirus horrekin infektatzerakoan, bi astetara antigorputzen maila igotzen zela eta urtebetera pitin bat igota zegoela antigorputzen maila. Horrek ez zuen ekidin infekzioa hurrengo urtean baina bai, egotekotan, sintomak arinak izatea eta birusen iraupena laburragoa izatea.

Hotzikeria sortzen duen beste koronabirus batekin egindako gene-ikerketa batek, OC43 delakoarekin egindakoak, informazio baliagarria eman diezaguke. Koronabirus horrek 1890 urtearen inguruan behietatik gizakira salto egin zuen, saguetatik behietara salto egin ostean. Ikerketa horrek iradokitzen du garai horretako agerraldian milioi bat pertsona hil egin zituela, orain arte gripeari egotzi zaion agerraldi batean, hain zuzen ere. Gaur egun koronabirus hori gurekin jarraitzen du, bere oldarkortasuna apalduta, hotzikeria arinak sortzen.

Zalantzan dago ea antzeko zerbait gerta daitekeen SARS-CoV-2 birusarekin. Oraindik ez baitago argi zenbat irauten duen immunitateak SARS-CoV-2aren aurrean. SARS-CoV birusaren kasuan bi-hiru urteren ostean, bere aurkako antigorputzen maila jaitsi zen eta ez da aztertu maila horiek nahikoak diren infekzio berri bati aurre egiteko. Izan ere, katuak, behiak, txakurrak eta oiloak infektatzen dituzten koronabirusen aurka animalia horiek batzuetan ez dute immunitaterik garatu. Dudarik gabe, aipatutako guzti horiek immune-pasaporteen eraginkortasunaren inguruan zalantzak pizten ditu. Izan ere pentsa dezakegu beste koronabirusak apaldu direnez, SARS-CoV-2 ere apalduko dela. Baina momentuz ez dugu ez aldeko ez kontrako ebidentziarik.

Hau da, gutxi gora behera, orain arte SARS-CoV-2 birusari buruz dakiguna. Hemen aipatutakoak hurrengo egun, aste eta hilabetetan alda daitezke edo berretsi daitezke. Galderak erantzunak baino gehiago dira. Ez dakiguna, dakiguna baino gehiago. Horregatik zuhurtziaz jokatzea egokitzen zaigu, bai berriak zabaltzerakoan, bai erabakiak hartzerakoan. Aztertu gabeko eremutan gabiltza, ez dakigu harea mugikorretan gauden, lur lohitsutan edo egonkorretan. Zientzia ondo egiten badugu erantzunak helduko dira, bitartean zaindu zaitezte ondo eta asko. 

Itxialdirako genetika sorta
1) Birusak
2) Immunitate-sistema
3) Antigorputzak
4) SARS-CoV-2aren jatorria
5) Termozikladorea
6) Gene-marketina
7) Zoroa eta patxadaz, mesedez 
8) ACE2 hartzailea
9) SARS-CoV-2aren geneak
10) 150 gene-testu
11) Etxeko gene-lanak
12) RNA
13) Endorfinen genetika
14) SARS-CoV-2aren jatorria (II)
15) Birusei aurre egiten
16) Tuskegee deitutako amesgaiztoa
17) Urtaroko gripearen genetika
18) Eugenesia eta Darwinismo soziala 2.0
19) Laborategietako langileei, eskerrak
20) Ez da guda bat, auzolana da
21) COVID-19ari gene-sentikortasuna
22) Gripe-pandemien genetika
23) Genetika zientzia-fikzioko filmetan
24) Beldurraren genetika
25) Parte-hartzearen garrantzia
26) Erratuta nengoen eta erratuko naiz
27) (gene-)datuen gobernantza
28) Genomak berdefinitzen
29) Minbizien gene-bilduma erraldoia
30) Gaixotasunak sailkatzen
31) Pangolinak
32) Saguzarrak
33) Zitokinen ekaitza
34) Gainontzeko epidemiak (I) – GIB
35) Gainontzeko epidemiak (II) – Ebola
36) Gainontzeko epidemiak (III) – Kolera
37) Gainontzeko epidemiak (IV) – Herpesbirusak eta H. pylori
38) Gainontzeko epidemiak (V) – Patogenoak ez direnak
39) Gainontzeko epidemiak (VI) – Etortzear dauden epidemiak aurreikusten
40) Bizi-urteak kentzen dituzten mutazioak 
41) Birus erraldoiak
42) Jirafen lepoa
43) Hesteak minberak direnean
44) Eboluzioa bueltan da
45) Zama diren onurak
46) COVID-19a eta tripak
47) Gene-diberitsitatea
48) Bigarren olatuak
49) Sexu-kromosomak eta bizi-luzera
50) Gene-aholkulariak
51) Adituaren falazia
52) Bio zuk zeuk egin