Larrialdirako genetika (93): PCR

PCR siglek gure egunerokoa hartu dute. Ingelesezko Polymerase chain reaction sigletatik dator, hau da, polimerasaren kate-erreakzioa, polimerasa entzimaren funtzioan oinarritzen baita teknika hau. Wikipedian PCRaren azalpena aurki dezakezue; Elhuyarrek sortzen dituen edukien artean PCR hamaika gauzetarako erabili dela ikus dezakezue;  Zientzia Kaieran genetikaren historia azaldu nuenean PCRa mugarri garrantzitsua izan zela azaldu nuen eta PCRari esker gaixotasun askoren gene-oinarria azter zitekela; eta pilula hauetan PCRa egiteko aparatua aurkeztu nuen eta Iratik PCRak egiten dituztenei gorazarre egin zien. Beste era batera esanda: PCRa teknika ezagutzeko eta teknika sendo eta oso erabilia dela jakiteko hamaika aukera badaude ere, behar beste modutara azalduko dugu. 😉

PCRa zelulek gene-materiala kopiatzeko erabiltzen duten mekanismoaren laborategiko bertsioa da. Bai, mekanismo natural baten kopia bat besterik ez da, beste teknika askorekin gertatzen den bezala. Horrela, nahi den gene-sekuentziaren kopia ugari lor daitezke. Horretarako oinarrizko osagaiak dira: polimerasa, noski, horregatik bere izena darama teknikak, DNAren kopiak egiten dituen entzima da; molde bezala jokatuko duen DNA (adibidez, aztertu nahi den lagin bat, gaixo batena, susmagarri batean, antzinako lagin batean, dena delakoa); aztertu nahi den sekuentzia kopiatzeko erabiltzen diren sekuentzia laburrak (hasle izenez ezagutzen direnak, polimerasa sekuentzia horietatik hasiko baita DNA kopiatzen); eta nukleotido solteak, DNA sekuentzia berriak sortzeko erabiltzen diren piezak, hain zuzen ere. Osagai horiekin eta tenperaturak igoz eta jaitsiz nahi den DNA sekuentziaren kopia asko lortzen dira.

“Baina Koldo, Koro RNA birusa da, eta DNAz ari zara! Eta ez dira molekula berdinak!” esango didazue. Eta nire erantzuna da, “Bai, hala da, arrazoi osoa duzue”.  Horretarako erretrobirusek beren RNA DNA bilakatzeko erabiltzen duten mekanismoa kopiatu dugu. Hau da, birus mota horrek erabiltzen duen entzima (alderantzizko transkriptasa) RNA DNA bihurtzeko erabiltzen da laborategietan. Bai, dena pentsatuta dago. Eta naturatik kopiatuta.

Baina, nire ustez, mezurik garrantzitsuena PCRari buruz zera da: biologia molekularreko oinarrizko teknika da eta azken 37 urteetan askotan erabili da. Esango nuke genetikan gehien erabiltzen den teknika dela, esperimentu eta teknika askok PCRa oinarri baitute. Beste era batera esanda: genetikan zerbait eskarmentuarekin, ganoraz eta behar bezala egiten bada hori PCRa da.

Nire buruan nuen PCRa sukaldaritzako teknikaren batekin konparatzea, ez dakit, arin frijitzearekin, sueztitzearekin edo pla-pla egitearekin. Neketsua prestatzea, pixka bat aspergarria eta konplikazio handirik gabea, baina oso erabilia eta gauza moloi askoren oinarria. Baina ez zitzaidan hau ordurik onena iruditzen konparazio hori egiteko. Hara… 🤭

Itxialdirako genetika sorta

Lehenengo txandaren hasiera
1) Birusak
2) Immunitate-sistema

3) Antigorputzak

4) SARS-CoV-2aren jatorria

5) Termozikladorea

6) Gene-marketina

7) Zoroa eta patxadaz, mesedez 
8) ACE2 hartzailea

9) SARS-CoV-2aren geneak

10) 150 gene-testu

11) Etxeko gene-lanak

12) RNA
13) Endorfinen genetika
14) SARS-CoV-2aren jatorria (II)
15) Birusei aurre egiten
16) Tuskegee deitutako amesgaiztoa
17) Urtaroko gripearen genetika
18) Eugenesia eta Darwinismo soziala 2.0
19) Laborategietako langileei, eskerrak
20) Ez da guda bat, auzolana da
21) COVID-19ari gene-sentikortasuna
22) Gripe-pandemien genetika
23) Genetika zientzia-fikzioko filmetan
24) Beldurraren genetika
25) Parte-hartzearen garrantzia
26) Erratuta nengoen eta erratuko naiz
27) (gene-)datuen gobernantza
28) Genomak berdefinitzen
29) Minbizien gene-bilduma erraldoia
30) Gaixotasunak sailkatzen
31) Pangolinak
32) Saguzarrak
33) Zitokinen ekaitza
34) Gainontzeko epidemiak (I) – GIB
35) Gainontzeko epidemiak (II) – Ebola
36) Gainontzeko epidemiak (III) – Kolera
37) Gainontzeko epidemiak (IV) – Herpesbirusak eta H. pylori
38) Gainontzeko epidemiak (V) – Patogenoak ez direnak
39) Gainontzeko epidemiak (VI) – Etortzear dauden epidemiak aurreikusten
40) Bizi-urteak kentzen dituzten mutazioak 
41) Birus erraldoiak
42) Jirafen lepoa
43) Hesteak minberak direnean
44) Eboluzioa bueltan da
45) Zama diren onurak
46) COVID-19a eta tripak
47) Gene-dibertsitatea
48) Bigarren olatuak
49) Sexu-kromosomak eta bizi-luzera
50) Gene-aholkulariak
51) Adituaren falazia
52) Bio zuk zeuk egin
53) Koronabirusen erretratua
54) Bizi(tz)a konplexua da
55) Etxabereak eta gu
56) Genometako guda-hotza
57) Kontserbazioa eta gene-aldaerak
58) Normaltasuna
59) Gaixotasunak eta sexua
60) Gene-dosia orekatzen
61) Gizakion adaptazio lokalak
62) Estigmak diren geneak
63) Zientzia-artikuluetan itota
64) Zientzian konfiantza
65) Gene-informazioaren balioa
66) Mikrobiomaren eragina immune-sisteman
67) Immune-sistema eraginkorrak SARS-CoV-2a antzematen
68) Zabor-posta zientzian
69) COVID-19ari buruz datuak partekatzen
70) Espezieen mugak
71) Genomaren zaindaria, gene-ediziorako oztopo
72) Gene-informazioa lagatzea
73) Birusak minbizien aurka
74) Egitasmo handien datuak erabiltzen
75) Gene biziak arrazakeriaren kontra
76) Sormena
77) Gene-lengoaia (I) – Hizkiak
78) Gene-lengoaia (II) – Patroiak ta egiturak
79) Gene-lengoaia (III) – Interpretazioa
80) Gene-lengoaia (IV) – Eboluzioa
81) Gene-lengoaia (eta V) – Etorkizuna
82) Omikak gaixotasun infekziosoak ikertzeko
83) Gene-arriskua erabiltzen
84) Geneen aktibitatea aurreikusten
85) Ezer ez da dirudiena
eta 86) Bizitza oso bat aurretik ikasten jarraitzeko
Lehenengo txandaren bukaera

Bigarren txandaren hasiera
87) Jakinpozaren alde, beti
88) Korodatuak
89) #Koropilulak
90) Dengea
91) Korodatuak (2)
92) #Koropilulak (2)