Larrialdirako genetika (106): Kororen genomarekin olgetan

Zientzien oinarritako bat emaitzak erreproduzitu ahal izatea da. Hau da, laborategi batean egiten den esperimentua beste laborategi batean eginda emaitzak berdinak izatea. Hori posible egiteko ahalik eta informazio gehien eskuragarri jarri behar da gainontzeko ikertzaileek horiek ikuska ditzaten edota horiek erabilita analisi berriak egin ditzaten. Hari horri jarraituta, orain dela urte askotatik, gene-sekuentziak eskuratzen direnean datu-base publikoetan utzi behar dira, munduko ikertzaile (eta ez-ikertzaile) guztiek eskura izan dezaten. Eta, noski, SARS-CoV-aren sekuentziak datu-base publikoetan eskuragarri jarri dira, gaur horietako bi datu-basek eskaintzen duten informazioa aztertuko dugu.

Alde batetik Washington-ko Unibertsitateko genoma-nabigatzailea dugu. Bertan, SARS-CoV-2ren inguruan sortu den gene-informazioa biltzeko, beren genoma-nabigatzailea moldatu dute. Lau birusen genomari buruzko informazioa jarri dute eskuragarri, beren erreferentziako genoma eta bakoitzetik sekuentziatu diren anduiak: guztira eskuragarri daude SARS-CoV-2ren 80.000 sekuentziatik gora, SARS-CoVren 332, MERS-CoVren 551 eta Ebolaren 1574; eta eguneratzen ari dira etengabeki. Horrela andui ezberdinak zuzenean konparatzeko aukera ematen dute, gene-aldaerak zeintzuk diren ikusteko, anduiak hainbat ezaugarriren arabera (esate baterako, herrialdea edo noiz jaso zen) bila daitezke, edota hainbat gene-ezaugarri eta gene-informazioa azter daitezke (birusaren geneen aktibitatea eta moldapenak, esate baterako). Gainera, aukera bat dute non andui ezberdinen arteko harreman ebolutiboa azter daitekeen. Gene-informazio horietaz gain, hainbat lanabes erabilgarri garatu dituzte horiek erabilita: adibidez, PCR probak egiteko erabiltzen diren sekuentzietan ea andui batzuk mutazioak dituzten, detekzioan eragin dezaketenak; edota antigenoak identifikatzeko lanabesa, txertoak garatzeko erabilgarria dena.

Beste batetik Kaliforniako Unibertsitatea – Santa Cruzeko genoma-nabigatzailea dugu. Hauek ere SARS-CoV-2ren inguruan sortu den gene-informazioa bistaratzeko beren genoma-nabigatzailea moldatu dute. Egun, SARS-CoV-2ren buruzko genoma mailako, transkriptoma mailako eta proteoma mailako 50 informazio mota ezberdin eskaintzen ditu. Horien artean aurkitzen dira sekuentziari buruzko informazioa,  SARS-CoV-2ren sekuentziak eskuratzeko hasleak barne; birusaren geneei buruzko informazioa, iturri ezberdinetatik lortua; proteinei buruzko informazio ezberdinak; immunologiarekin lotutako informazioak, hala nola, zein birus-sekuentziak ezagutu ditzaketen zelula zuriek; genomika konparatiboa, beste hainbat giza eta animalia koronabirusekin sekuentziak konparatu ahal izateko; anduien arteko gene-aldaerak aztertzeko informazioa; eta gene-informazioa osatzen joateko aukera. Genoma-nabigatzaile hau oso erabilia eta ezaguna denez, beren kudeatzaileen itxaropena da beren nabigatzailea moldatu izana ikerketak erraztea.

Hortaz, Kororen genomarekin jolastu nahi baduzue, hor duzue gene-informazio guztia eskuragarri. Joan, klik asko egin eta ikusi nolakoa den Kororen genoma!

Itxialdirako genetika sorta

Lehenengo txandaren hasiera
1) Birusak
2) Immunitate-sistema

3) Antigorputzak

4) SARS-CoV-2aren jatorria

5) Termozikladorea

6) Gene-marketina

7) Zoroa eta patxadaz, mesedez 
8) ACE2 hartzailea

9) SARS-CoV-2aren geneak

10) 150 gene-testu

11) Etxeko gene-lanak

12) RNA
13) Endorfinen genetika
14) SARS-CoV-2aren jatorria (II)
15) Birusei aurre egiten
16) Tuskegee deitutako amesgaiztoa
17) Urtaroko gripearen genetika
18) Eugenesia eta Darwinismo soziala 2.0
19) Laborategietako langileei, eskerrak
20) Ez da guda bat, auzolana da
21) COVID-19ari gene-sentikortasuna
22) Gripe-pandemien genetika
23) Genetika zientzia-fikzioko filmetan
24) Beldurraren genetika
25) Parte-hartzearen garrantzia
26) Erratuta nengoen eta erratuko naiz
27) (gene-)datuen gobernantza
28) Genomak berdefinitzen
29) Minbizien gene-bilduma erraldoia
30) Gaixotasunak sailkatzen
31) Pangolinak
32) Saguzarrak
33) Zitokinen ekaitza
34) Gainontzeko epidemiak (I) – GIB
35) Gainontzeko epidemiak (II) – Ebola
36) Gainontzeko epidemiak (III) – Kolera
37) Gainontzeko epidemiak (IV) – Herpesbirusak eta H. pylori
38) Gainontzeko epidemiak (V) – Patogenoak ez direnak
39) Gainontzeko epidemiak (VI) – Etortzear dauden epidemiak aurreikusten
40) Bizi-urteak kentzen dituzten mutazioak 
41) Birus erraldoiak
42) Jirafen lepoa
43) Hesteak minberak direnean
44) Eboluzioa bueltan da
45) Zama diren onurak
46) COVID-19a eta tripak
47) Gene-dibertsitatea
48) Bigarren olatuak
49) Sexu-kromosomak eta bizi-luzera
50) Gene-aholkulariak
51) Adituaren falazia
52) Bio zuk zeuk egin
53) Koronabirusen erretratua
54) Bizi(tz)a konplexua da
55) Etxabereak eta gu
56) Genometako guda-hotza
57) Kontserbazioa eta gene-aldaerak
58) Normaltasuna
59) Gaixotasunak eta sexua
60) Gene-dosia orekatzen
61) Gizakion adaptazio lokalak
62) Estigmak diren geneak
63) Zientzia-artikuluetan itota
64) Zientzian konfiantza
65) Gene-informazioaren balioa
66) Mikrobiomaren eragina immune-sisteman
67) Immune-sistema eraginkorrak SARS-CoV-2a antzematen
68) Zabor-posta zientzian
69) COVID-19ari buruz datuak partekatzen
70) Espezieen mugak
71) Genomaren zaindaria, gene-ediziorako oztopo
72) Gene-informazioa lagatzea
73) Birusak minbizien aurka
74) Egitasmo handien datuak erabiltzen
75) Gene biziak arrazakeriaren kontra
76) Sormena
77) Gene-lengoaia (I) – Hizkiak
78) Gene-lengoaia (II) – Patroiak ta egiturak
79) Gene-lengoaia (III) – Interpretazioa
80) Gene-lengoaia (IV) – Eboluzioa
81) Gene-lengoaia (eta V) – Etorkizuna
82) Omikak gaixotasun infekziosoak ikertzeko
83) Gene-arriskua erabiltzen
84) Geneen aktibitatea aurreikusten
85) Ezer ez da dirudiena
eta 86) Bizitza oso bat aurretik ikasten jarraitzeko
Lehenengo txandaren bukaera

Bigarren txandaren hasiera
87) Jakinpozaren alde, beti
88) Korodatuak
89) #Koropilulak
90) Dengea
91) Korodatuak (2)
92) #Koropilulak (2)
93) PCR
94) Korodatuak (3)
95) Genetikaren etorkizuna (1)
96) Koropilulak (3)
97) Gripearen zain
98) Genetikaren etorkizuna (2)
99) Koropilulak (4)
100) Pedagogia
101) Genetikaren etorkizuna (3)
102) Genetika telesailetan (5)
103) Genetikaren etorkizuna (4)
104) Hofstadteren legea
105) Genetikaren etorkizuna (5)