Itxialdirako genetika (31): Pangolinak

Azken asteetan ibili gara pangolinak gora, pangolinak behera, proposatu delako SARS-CoV-2a beraien bidez gure espeziera heldu dela. Animalia horiek desagertzerako bidean jarri ditugu gizakiok bere haragia preziatua delako eta bere ezkatak txinatar medikuntzan erabiltzen direlako. Baina, zer dakigu beraien genetikari buruz?

Pholidota ordenako animaliei pangolin deitzen diegu. Bertan Asian eta Afrikan bizi diren zortzi espezie sailkatzen dira eta zortzi espezie horietatik hiru espezieren genomak sekuentziatu dira. Baina beren genomak sekuentziatu badira ere, bere antolaketa ez dago eskuragarri eta espezie bakoitzaren genomari buruz eskuragarri dagoen informazioa ezberdina da. 

Auzia da genomak sekuentziatzeko, lehenengo zati txikietan banatzen dela, gero zati horiek sekuentziatu egiten direla eta, azkenik, zati horiek puzzle bat balira bezala lotzen direla. Horrela, berreraikitzeko errazagoak diren zatietan genomaren jarraiera luzeagoak ditugu eta zailak direnak, ba zati txikitxo batzuk. Zera, puzzleetan gertatzen dena: zonalde batzuk errazagoak dira beste batzuk baino. Eta genomak zerotik sekuentziatzerako orduan, ez dago ezer erreferentzia moduan. Horregatik, pangolinen kasuan, zati handiak eta txikiak ditugu baina ez kromosometan kokatuak. Hortaz, oinarrizko gene-antolaketa horri buruz ez dugu informaziorik.

Orduan, zein gene-informazio dago eskuragarri? Bada, badakigu zuhaitzetako pangolinaren (Phataginus tricuspis) genomaren tamainak hiru mila megabase pasatxo dituela; eta pangolin txinatarraren (Manis pentadactyla) genoma laburragoa dela, bi mila megabasetik gorakoa da. Pangolin javatarraren (Manis javanica) genoma da hoberen karakterizatua dagoena: 2,5 mila megabase inguruko luzera du eta bertan 27 mila gene inguru daudela aurresan da. Konparatu ahal izateko, gizakion genomak 3,1 mila megabase ditu eta 20 mila gene inguru daude.

Genometaz gain, datu-baseetan eskuragarri daude mitokondrioen gene-informazioa; populazioen arteko harremanak ikertzeko erabiltzen diren sekuentzienak, hain zuzen ere. Horrela, pangolin-talde ezberdinen arteko harremana eta eboluzioa ondorioztatu da.

Horretaz gain, ezer gutxi gehiago. Ez dirudi pangolinek interes handirik piztu dutenik oinarrizko gene-informazioa hain urria bada. Agian hau ere berpentsatu beharko dugu. 

Itxialdirako genetika sorta
1) Birusak
2) Immunitate-sistema
3) Antigorputzak
4) SARS-CoV-2aren jatorria
5) Termozikladorea
6) Gene-marketina
7) Zoroa eta patxadaz, mesedez 
8) ACE2 hartzailea
9) SARS-CoV-2aren geneak
10) 150 gene-testu
11) Etxeko gene-lanak
12) RNA
13) Endorfinen genetika
14) SARS-CoV-2aren jatorria (II)
15) Birusei aurre egiten
16) Tuskegee deitutako amesgaiztoa
17) Urtaroko gripearen genetika
18) Eugenesia eta Darwinismo soziala 2.0
19) Laborategietako langileei, eskerrak
20) Ez da guda bat, auzolana da
21) COVID-19ari gene-sentikortasuna
22) Gripe-pandemien genetika
23) Genetika zientzia-fikzioko filmetan
24) Beldurraren genetika
25) Parte-hartzearen garrantzia
26) Erratuta nengoen eta erratuko naiz
27) (gene-)datuen gobernantza
28) Genomak berdefinitzen
29) Minbizien gene-bilduma erraldoia
30) Gaixotasunak sailkatzen