Etiketa: dazientziat

Uda irakurgai arin eta freskagarrien garaia omen da. Hortaz populazioen genetikaz, besteak beste giza-taldeen arteko (ez)berdintasun genetikoak aztertzen dituen genetikaren atalaz, arin eta fresko idazten saiatuko naiz Luistxoren eskaria aitzakia hartuta.

Europako populazio isolatuen genetika (taldeetako bat: euskaldunak) https://t.co/3VBKfsHQI1 lan honi buruzko iritzi espertoa eskertuko nuke

— Luistxo Fernandez (@luistxo) August 16, 2016

Luistxok aipatutako lan honetan, ikertzaileek galdera bat erantzun nahi dute: zer nolako ezaugarri ebolutiboak dituzte giza-talde irekiak eta itxiak/isolatuak? Edo, beste era batera esanda, benetan bi kategoria horiek existitzen dira edo dikotomia artifizial bat da?

Horretarako bi mota horietako hainbat giza-talde aztertzen dituzte (14 ireki eta 10 isolatu), tartean euskaldunak isolatuen kategorian, eta bakoitzean 12 parametro ebolutibo kalkulatzen dituzte. Gaia kokatzeko, populazioen genetikan lau indar ebolutibo aztertzen dira (mutazioa, hautespena, migrazioa eta jito genetikoa) eta horien arteko elkarrekintzen arabera populazio batek dituen ezaugarri genetikoak ezartzen dira. Horiek neurtzeko (islandiarrak bezala genealogia zehatz-mehatz bat izan ezean edo makina-denbora asmatu arte ezingo dugu jakin benetan zer gertatu den) gaur egun hemen gaudenon material genetikotik abiatuta zer gertatu den kalkulatzen da. Adibidez, giza-talde bat isolatua egon bada, itxarotekoa da giza-talde horretako pertsonen arteko ahaidetasuna altua izatea eta horrek giza-taldearen barruko aldaera genetikoen aniztasuna jaistea, beste giza-taldetatik ezberdinduz. Gainera giza-taldearen tamainaren arabera indar ebolutibo hauen eragina aldatzen da, giza-talde txikietan handiagoa izanda. Baina tamaina ez da zenbat pertsona dauden giza-talde batean, baizik eta genetikoki ezberdinak direnen artean zenbat ugaltzen diren, horiek baitira bere material genetikoa pasatzen dutenak, material genetikoaren aniztasuna mantentzen dutenak eta, hortaz,  giza-taldearen ezaugarri genetikoak moldatzen dituztenak; hori populazioen genetikan tamaina efektiboa (Ne) izenez ezagutzen da.

Aipatutako lanean zera ikusi dute, badaudela parametro ebolutibo batzuk giza-talde isolatuetan eragin handiagoa dutela eta, gainera, giza-talde bakoitzean parametro garrantzitsu horiek ezberdinak direla, hau da, beren isolamendua modu ezberdinean gertatu dela. Tamaina efektiboari dagokiola, ordea, ez dute ezberdintasun handirik ikusi giza-talde isolatu eta irekien artean eta, hortaz, tamainak ez dela uste zen beste eragin giza-taldeak isolatzerako orduan.

ze ondo, zure blogaren zain: artikuluko irudietako batzuekin nago intrigatua bereziki @jorios @UxuneM @elhuyaraldizk

— Luistxo Fernandez (@luistxo) August 16, 2016

Suposatzen dut euskaldunen lekuaz ari dela Luistxo txio honetan, bai 24 giza-taldeen arteko konparaketan aldenduta agertzen baitira euskaldunak, Ipar Sardiniarekin dagoen harreman estua, eta aztertutako euskaldunak bakarka ere pixka bat aldentzen direla aztertutako beste pertsonetatik. Argi ikusten dena zera da, analisi-motaren arabera giza-taldeen arteko “gertutasuna” eta “urruntasuna” aldatzen dela. Hori beti buruko-min bat da halako datuekin lan egiten duzunean eta, azkenean, irudiak jartzen badituzu ere bakarrik interesatzen duzuna aipatzen duzu. Euskaldunen auzian, badakizue beti interesa pizten duela eztabaida honek, aurkezten duten datuetan oinarrituta ondorioztatzen dudana da (nire irizpidea da, ez hartu egi absolututzat) euskaldunen arteko ugalketa belaunaldi askotan zehar mantendu dela taldetik kanpoko material genetiko berriaren sarrera mugatua izanda, hau da, migrazio gutxi egon dela taldearen barnera. Ipar Sardiniaren kontuan ez dira asko sartzen egileak eta, normala da, tamaina efektiboaren kontuan izan ezik, beste grafiko guztietan euskaldunak eta Ipar Sardinia ez daude gertu. Hor iruditzen zait aipatzen ez duten beste kontu bat dagoela jokoan: Europara heldutako giza-populazioen “olatuak”, badakizue, euskaldunak “zaharragoak” ziren giza-populazioen oinordekoak direla eta azken migrazioaren olatutik isolatuta gelditu zirela. Artikuluaren egileak tematzen dira euskaldunak beste giza-taldetatik banatu ziren talde bat bezala aztertzen eta ez antzinako gizakien ezaugarri genetikoen ordezkari moduan. Ipar Sardinian halako isolamendu bat gertatu bazen (azken olatuarekin asko ez nahastea) azalduko luke antzekotasuna: aurreko olatuaren oroigarriak dira eta, hortik, antzekoagoak izatea beraien artean gainontzeko Europako giza-populazioekin baino. Arraroak beti batera doaz. [Irakurri 2. iruzkina]. Honek ere populazio efektiboaren auzia azal lezake, antzinako ezaugarri genetiko horiek aniztasunean mantendu dituzte tamaina dezentea duen giza-taldearen barruan.

BAS populazioa iparraldera mugatua eta markatzaile genetikoa kopurua mugatua iruditzen zait

— Koldotxu (@koldotxu) August 16, 2016

Lanetik argi atera dudanaren ostean, lanaren arazoak eta mugak. Hasieratik ohar garrantzitsu bat eman nezakeen baina bukaerara arte ez nuen dena zapuztu nahi: lan hau zirriborro bat besterik ez da. bioRxiv-en aldizkari zientifiko batera bidali baino lehenagoko bertsioa da, emaitzak partekatzeko eta artikulua hobetzeko. Ez du filtro zientifikorik pasa, bakarrik autoreen lehen interpretazioa da. Aldizkari zientifiko batean argitaratu daitekeen bertsioa antzekoa edo zeharo ezberdina izan daiteke.

Mugei dagokiela, aztertzen dituzten markatzaile genetiko kopurua (SNPak kasu honetan) mugatua iruditzen zait: ez dituzte kromosoma guztiak aztertzen (6 falta dira) eta jatorria aztertzeko erabilgarriak direnak erabili dituzte. Hau da, giza-taldeak banatzeko erabiltzen diren ohiko markatzaileak erabilita giza-taldeen ezberdintasunak baino giza-taldeen berezitasunak nabarmenduko dira. Honek isuriak sortzen ditu eta, hortaz, lan honetatik argi atera daitezkeen ondorioak mugatuta daude. Egileek berauek onartzen duten genoma osoak sekuentziatu beharko liratekeela informazio osatuagoa edukitzeko. Hortaz, istorio guzti hau “to be continued…” batekin bukatzen da.

Josuk homeopatia egurtu zuenean Zientzia Kaierari txio honekin erantzun nion.

@zientzia_k nik uste, genetikan diogun bezala, @Josu_lg-k alergia horren geneak konstitutiboki aktibo dituela urte osoan zehar 😉

— Koldotxu (@koldotxu) April 14, 2016

(gehiago…)